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蓬勃發(fā)展IVD, 5倍+速度助力引物探針開發(fā)


近年來,我國IVD產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速,國內(nèi)市場容量向千億元級邁進(jìn)。

分子診斷作為體外診斷(IVD)領(lǐng)域發(fā)展很快的細(xì)分行業(yè),具有檢測時間短、靈敏度更高、特異性更強等優(yōu)勢,被廣泛應(yīng)用于傳染性疾病、血液篩查、遺傳性疾病、腫瘤伴隨診斷等領(lǐng)域。


 

 

1、分子診斷技術(shù)

分子診斷是指以DNARNA核酸為診斷材料,使用分子生物學(xué)技術(shù)檢測人體是否攜帶病毒基因、是否存在缺陷基因以及是否存在表達(dá)異常。 分子診斷是預(yù)測診斷的主要方法,既可以實現(xiàn)個體遺傳病的診斷,又可以實現(xiàn)腫瘤早篩。

分子診斷大致可分為PCR技術(shù)、基因測序、熒光原位雜交和基因芯片等。


 

                               圖1:分子診斷技術(shù)的分類


目前國內(nèi)分子診斷細(xì)分賽道市場份額占比分別為:PCR(40%),分子雜交(35%),生物芯片(16%),其他(9%),PCR技術(shù)占據(jù)了分子診斷半壁江山。

(根據(jù)智研咨詢/國元證券研究中心數(shù)據(jù)調(diào)研)

肆虐全球的新冠疫情是分子診斷行業(yè)發(fā)展的催化劑,而PCR技術(shù)是分子診斷中很常用的檢測手段,作為確診新冠的金標(biāo)準(zhǔn)。

 

2、PCR聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)

PCRPloymerase chain reaction,即聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的縮寫,一種核酸(DNARNA)體外擴(kuò)增技術(shù)。利用DNA雙鏈復(fù)制的原理,能在短時間內(nèi)將及微量的特定核酸片段復(fù)制出百萬份的拷貝,從而實現(xiàn)對極其微量的DNARNA片段進(jìn)行定量。

 

 

                                    圖2PCR反應(yīng)過程

 

PCR技術(shù)由1983Kary Mullis首創(chuàng),被廣泛運用在產(chǎn)前診斷(如乙肝病毒篩查)、腫瘤早篩(如HPV人乳頭瘤病毒檢測)、傳染病檢測(如HIV艾滋病病毒檢測)、呼吸疾病檢測(新型冠狀病毒)基因檢測(如親子鑒定)等診斷。


 

                                     圖3:核酸檢測案例


體外診斷RT-PCR試劑盒中包含了模板雙鏈DNA、一對特定序列的引物、一個帶有檢測基因的探針、DNA聚合酶、底物dNTP、緩沖溶液等,那么如何確保DNA能順利進(jìn)行特異性擴(kuò)增?又如何正常標(biāo)記?引物和探針的寡核苷酸原料必不可少。

 

 

                                  圖4PCR反應(yīng)試劑原料

 

引物和探針的寡核苷酸原料必不可少。

上文提及的引物、探針,和酶等都是IVD原料,即用于制備IVD產(chǎn)品的材料,其品質(zhì)對IVD產(chǎn)品的性能和檢測準(zhǔn)確度影響極大,因此上游環(huán)節(jié)在IVD產(chǎn)業(yè)鏈中話語權(quán)極強。

然而,長期以來IVD原料生產(chǎn)一直是我國IVD產(chǎn)業(yè)中的卡脖子環(huán)節(jié)。IVD原料市場需求不斷增長,但其背后的核心技術(shù)并未取得相同幅度的進(jìn)步。由于IVD原料的研發(fā)難度較高,國產(chǎn)IVD原料在生產(chǎn)工藝及純度質(zhì)量上仍與進(jìn)口原料存有差距。

隨著我國IVD原料企業(yè)投入大量資金開展基礎(chǔ)研究與開發(fā)工作,其研發(fā)創(chuàng)新能力與原料工藝質(zhì)量不斷提升。那么我們先來了解一下,生產(chǎn)這些上游原料的要點及難點。


引物

引物的特異性是PCR特異性的關(guān)鍵,引物是具有獨特靶向序列的短鏈寡核苷酸片段,幫助識別基因組的獨特性。通過引物特異性結(jié)合在目標(biāo)區(qū)域,作為DNA復(fù)制開始時DNA聚合酶的結(jié)合位點。不純的引物不但會直接影響RT-PCR的特異性和定量不準(zhǔn),還會影響后續(xù)的測序?qū)嶒灐?/span>

 

引物不純可能會導(dǎo)致:

1)非特異性擴(kuò)增;

2)無法用預(yù)先設(shè)計在引物5′端酶切位點的酶切開,特別是沒有保護(hù)堿基的引物;

3) 用于測序出現(xiàn)雙峰或亂峰。

 

 

                                          圖5:引物

 

 

探針

TaqMan熒光探針是一種具有熒光基團(tuán)的特定寡核苷酸片段,通過檢測熒光分子的信號強度即可知道PCR產(chǎn)物擴(kuò)增量,每擴(kuò)增一條DNA子鏈,就有一個熒光分子發(fā)出信號。

 

 

                                    圖6Taqman探針


無論是PCR反應(yīng)還是NGS測序等核酸水平的分子診斷技術(shù),都需要優(yōu)質(zhì)的引物和探針,確保診斷的靈敏度和準(zhǔn)確性。必須對合成后的寡核苷酸片段進(jìn)行純化處理,得到符合純度要求的PCR試劑盒的原料,再銷售至下游生產(chǎn)核酸試劑盒的廠家。


3、如何得到優(yōu)質(zhì)或高純度的引物探針?

引物/探針等寡核苷酸通過自動核酸合成儀合成之后,需要通過不同的分離純化方式(比如脫鹽過柱法或RP-HPLC方法)。

 

 

                                      圖7HPLC純化 

 

RP-HPLC制備型反向高效液相色譜法是引物/探針常用的純化方法之一,其優(yōu)點是純度高(高達(dá)99%)、自動化程度高。純化后需要使用相關(guān)的溶劑蒸發(fā)設(shè)備去除其有機(jī)溶劑(如乙腈、甲醇、水等)后,一般包裝至EP管或者96孔板中。

然而,使用傳統(tǒng)濃縮方法去除這些溶劑時,如果控制不當(dāng),未必能使溶劑蒸發(fā)完全,會影響引物和探針的一致性和純度。

為防止樣品暴沸,需要在溶劑蒸發(fā)過程的控制好抽真空速率,Genevac大容量核酸合成濃縮儀(圖7)利用控制真空度和離心力,可以有效防止暴沸避免交叉污染。

 

                                  圖8:真空離心濃縮儀  


4爭分奪秒|分子診斷的新趨勢

隨著核酸檢測常態(tài)化發(fā)展,大量的新冠試劑盒被用于每日的核酸檢測。分子診斷新趨勢是更快,更準(zhǔn)! 

采樣快速——59日,國務(wù)院聯(lián)防聯(lián)控機(jī)制提出,大城市要建立步行15分鐘核酸采樣圈。

檢測快速——截至512日,上海市的核酸檢測能力現(xiàn)在也達(dá)到了每天800萬管以上。

(數(shù)據(jù)來源:央視新聞)


5為上海市復(fù)工復(fù)產(chǎn)做準(zhǔn)備

按照六月以后復(fù)工復(fù)產(chǎn)的要求,每人每周需要進(jìn)行兩次的核酸檢測,根據(jù)上海市常住人口數(shù)量2500萬,除去退休人員,小孩子,無業(yè)人員,至少有60%的人員需要參加這些檢測,也就是說每天至少消耗越428萬管的檢測試劑。

面對日均如此大需求量的檢測試劑盒,上游原材料的質(zhì)量和供應(yīng)速度應(yīng)該同幅度進(jìn)步和增長,在引物和探針的制備過程中,使用高通量的真空離心濃縮設(shè)備可以大幅度提高生產(chǎn)效率,溶劑蒸發(fā)的速度起到四兩撥千斤的作用。

接下來介紹一款大容量核酸合成濃縮儀miVac Quattro,它的樣品通量是傳統(tǒng)的氮吹濃縮儀的5+,大幅度提高了蒸發(fā)容量和節(jié)約蒸發(fā)時間。在核酸合成中常用的1.5ml EP管可以同時濃縮200位樣品,另外兼容96孔板,最多可同時容納20個淺孔微孔板或8個深孔板。

 

                            圖9miVac Quattro大容量核酸合成濃縮儀

 

 

                           圖10 多樣的轉(zhuǎn)子類型


提高濃縮速度的秘訣是提高熱傳導(dǎo)率。


下圖使用不同條件下的樣品濃縮速度,Genevac通過一系列措施促進(jìn)熱量向樣品傳導(dǎo),在濃縮速度上有顯著提升,助力引物/探針試劑高效率生產(chǎn)。


 

                   圖11:不同條件下的提升濃縮速度


實心鋁制轉(zhuǎn)子——相比塑料轉(zhuǎn)子或空心轉(zhuǎn)子,獨特的實心鋁制轉(zhuǎn)子具有良好的熱傳導(dǎo)效果,即使在真空條件下也能有效傳遞熱量。

腔體預(yù)熱功能——結(jié)合腔體預(yù)熱功能,能有效提升濃縮速度。

高效率的SpeedTrap?冷阱——新型的冷阱線圈制冷,能冷凝回收95%以上的有機(jī)溶劑。


 

                                圖12Speedtrap冷阱


一款安全、可控、快速、高通量的濃縮儀,可以更大程度地減輕工作負(fù)擔(dān),高效助力生產(chǎn)優(yōu)質(zhì)的IDV原料,用戶僅需設(shè)置溫度,一鍵選擇醇或水的方法,然后按下啟動鍵即可使用。 

寡核苷酸除了在IVD中扮演重要角色,現(xiàn)在作為創(chuàng)新藥的熱門選手,也承載了很多科研人員的希望,下一期我們就來聊聊Oligo藥物篩選的那些事。


原理介紹:

Genevac miVac是由離心腔、冷阱、真空泵三部分組成真空離心濃縮儀,用于對寡核苷酸、核酸等樣品進(jìn)行濃縮、純化、干燥,適用于oligo合成、RNA/DNA制備、肽制備、測序、分子生物學(xué)和ADME/毒理學(xué)研究。

抽真空:利用壓力降低時,溶劑的沸點也隨著降低。使生物樣品能在較低的溫度條件下進(jìn)行溶劑蒸發(fā)。加快蒸發(fā)效率的同時,可防止熱敏感樣品失活。

離心:為了避免樣品暴沸和交叉污染,采用高速離心旋轉(zhuǎn)技術(shù),離心力的作用下可以有效防止暴沸和樣品損失,干燥后的溶質(zhì)完全沉積在容器的底部,便于樣品的完全回收。

熱量:加速樣品的蒸發(fā)速率。

英國GeneVac公司成立于1990 年,隸屬SP Scientific 旗下,一直專注于研究和生產(chǎn)各種離心蒸發(fā)濃縮設(shè)備,不斷為生命科學(xué)提供更前沿和優(yōu)質(zhì)的解決方案。