自20世紀(jì)誕生以來,分子生物學(xué)迅速發(fā)展并在整個生命科學(xué)領(lǐng)域廣泛滲透和應(yīng)用,推動了傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)進入基于分子層面實驗科學(xué)的現(xiàn)代生物醫(yī)學(xué)時代。
核酸提取和純化是分子生物學(xué)試驗的基礎(chǔ),在以下應(yīng)用實驗中都需要進行核酸提取:
● 分析基礎(chǔ)研究和疾病研究中的基因表達;
● 跟蹤對藥物治療的反應(yīng)(例如,在抗病毒治療期間和之后監(jiān)測病毒滴度);
● 識別新物種并深入了解進化過程 (例如,Ancient DNA分析);
● 對人類、動物和植物中引起傳染病暴發(fā)的病原體進行監(jiān)測和分類;
● 通過微生物檢測和量化監(jiān)測食品和水安全;
● 診斷疾病 (如基因疾病,癌癥,免疫學(xué)缺陷)。
核酸提取純化基本步驟
核酸純化方法是影響提取核酸質(zhì)量高低的最重要因素之一,也是下游分子生物學(xué)試驗成敗的關(guān)鍵,遵循提取純化原則以及選擇合適的純化、濃縮方法,可以使核酸的質(zhì)量及回收率達到最大化。
核酸提取純化原則和要求
● 需要保證核酸一級結(jié)構(gòu)的完整性,為下游實驗做準(zhǔn)備;
● 排除其它核酸分子的污染(提取DNA時排除RNA的干擾,反之亦然);
● 核酸樣品中沒有對酶有抑制作用的有機溶劑和高濃度的金屬離子;
● 將核酸樣品中其它生物大分子如蛋白質(zhì)、多糖和脂類分子的污染降到最低程度。
核酸提取純化的常見方法
溶液抽提法
經(jīng)典的DNA提取方法:酚氯仿抽法,主要是使用兩種不同的有機溶劑交替抽提將蛋白去除。通過苯酚氯仿處理細胞破碎液或者組織勻漿后,在水相中主要溶解的是以DNA為主的核酸成分,在有機相中主要是多糖和脂類物質(zhì),蛋白質(zhì)則沉淀于兩相之間。離心分層后取出水層,多次重復(fù)操作,再合并含核酸的水相,利用核酸不溶于醇的性質(zhì),用乙醇沉淀核酸,之后再離心分離和溶解洗脫,而后通過將洗滌后的核酸沉淀進行濃縮干燥即可得到高純度核酸。
離心柱法(柱膜法)
通過特殊硅基質(zhì)吸附材料,能夠特定吸附DNA,而RNA和蛋白質(zhì)順利通過。硅膠膜表面的硅醇基團呈弱酸性,其水化后帶負電。當(dāng)溶液中存在一定濃度的陽離子后,形成的陽離子橋能夠中和DNA和硅醇基團之間的表面負電荷,從而使DNA牢固地吸附在硅膠膜表面。反之,處于低鹽水溶液狀態(tài)下時,由于硅膠膜的硅醇基團與DNA磷酸基團之間的靜電排斥,硅膠膜釋放DNA。
利用高鹽低PH結(jié)合核酸,低鹽高PH值洗脫,來分離純化核酸。離心柱純化也是試劑盒提取中廣泛的使用方法。
磁珠法
運用納米技術(shù)對超順磁性納米顆粒的表面進行改良和表面修飾后,該磁珠能在微觀界面上與核酸分子特異性地識別和高效結(jié)合。磁珠法利用了磁性顆?;钚曰鶊F在一定條件下可與核酸結(jié)合和解離的原理,先使用細胞裂解液裂解細胞,帶有活性基團的磁性顆??商禺愋晕綇募毎杏坞x出來的核酸分子,而樣品中的其他干擾物則很好的移除了,在磁場作用下,磁性顆粒與液體分開完成,最后回收顆粒(即磁珠-DNA 混合物),再用洗脫液洗脫,純化濃縮后即可得到純凈的DNA,獲得質(zhì)量較高的核酸模板。
提取純化方法的選擇
一般地,分離純化步驟越多,核酸的純度也越高,但得率會逐漸下降,完整性也愈難以保證。相反,通過分離純化步驟少的實驗方案,我們可以得到比較多的完整性較好的核酸分子,但純度不一定很高。這需要結(jié)合核酸的用途而加以選擇。
如果對核酸提取的質(zhì)量要求不高,可以選擇經(jīng)濟實惠的溶液法,選擇柱膜法還是磁珠法自動化提取,基本上取決于樣本數(shù)量,針對大批量的樣本,優(yōu)先選擇磁珠法自動化提取。如果對樣本數(shù)量較少,則可以選擇柱膜法,既快速又經(jīng)濟實用。對于Oligo寡核苷酸的純化,實驗要求更高。(可參考往期推文)
不管采用哪一種核酸提取純化方法
都離不開濃縮干燥!
● 再濃縮核酸樣品,隨著核酸提取試劑的逐步加入,以及去除污染物過程中核酸分子不可避免的丟失,樣品中核酸的濃度會逐漸下降,甚至影響到后面的實驗操作或不能滿足后繼研究與應(yīng)用的需要時,需要對核酸進行濃縮,可將150uL DNA水溶液濃縮至10uL再進行測序;
● 去除DNA樣品中醇的殘留,當(dāng)DNA樣品中有乙醇的殘留會影響測序反應(yīng);
● 干燥DNA樣品。DNA沉淀后可能會含水或水/乙醇混合液,濃縮去除后可以得到干燥的DNA樣品。
常用的干燥方法:風(fēng)干VS真空離心濃縮儀應(yīng)用案例分享
WTCHG(牛津大學(xué)人類遺傳學(xué)威康信托中心) 使用Sequenom MassARRAY®SNP 基因分型系統(tǒng)用于SNP分析,樣品前制備過程分別使用風(fēng)干(左)和Genevac EZ-2真空離心濃縮儀(右)干燥含有寡核苷酸樣品的384孔板。
下圖結(jié)果表明,使用EZ-2真空離心濃縮儀干燥寡核苷酸樣品,可以大大降低樣品降解率,保證樣品不會被污染,消除了樣品損壞的潛在來源。
深綠色-高樣本數(shù)據(jù)質(zhì)量
淺綠色-中等樣本數(shù)據(jù)質(zhì)量
紅色-樣品質(zhì)量差或無數(shù)據(jù)
使用真空離心濃縮儀,可以避免核酸濃縮干燥遇到的過度加熱、絕對干燥、交叉污染及紫外損害保證核酸樣品的完整性。
Genevac真空離心濃縮儀
濃縮干燥DNA樣本,Genevac真空離心濃縮儀是合適的選擇,Genevac系統(tǒng)廣泛應(yīng)用于DNA樣品制備與純化處理,不論是處理PCR前的簡單的小體積濃度DNA pellets,還是高通量處理許多純化DNA或寡核苷酸的樣品,都有不同的機型可供選擇。
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Genevac
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